La andadura de este humilde equipo comienza el 10 de marzo de 1923 tal y como dice su carta fundacional “Para fomentar los deportes, y en especial el fútbol”. Un conjunto que comenzó disputando la liga en Primera Regional hasta los años sesenta, cuando consiguó ascender a la Tercera División en el año 1970,mismo año en el que subió de categoría, disputando por primera vez en su historia y 57 años después de su fundación, la Segunda División. La alegría del submarino amarillo no duraría mucho pues en la campaña 70-71 no pudieron evitar el descenso a Tercera División, en la cual se forjó como un equipo sólido para poder disputar la 2º División. En la década de los 80 el equipo consiguió el ascenso a 2º B, pero un año después volverían a la que parecía ser la división destinada para ellos, la “maldita” 3º División. Sin embargo la entrada de la década de los 90 fue gloriosa para los amarillos, comenzando con el ascenso a 2º B y luego algo realmente increíble, subir dos categorías en dos campañas sucesivas, por lo que pasó de 2º B a 1º División, aquellos tiempos "malditos" en la Tercera División habían quedado en el olvido. Su debut en 1º fue con uno de los mejores equipos del mundo y el mejor equipo de la liga en esos tiempos, y en uno de los mejores estadios del mundo, efectivamente, el Villareal jugó por primera vez en Primera contra el Real Madrid y en el Santiago Bernabeú.
El Villareal no logró mantener la categoría y descendió a los infiernos de la 2º División, que no abandonaría hasta la campaña 99-00, a la que no ha vuelto a regresar.
Por lo tanto en 8 campañas consecutivas que cuenta el Villareal en la máxima división española, sus objetivos han evolucionado al igual que la calidad de sus jugadores; de luchar por no descender a aspirar a puestos que dan acceso a disputar competiciones europeas, un cambio radical sin duda alguna. Su primer título europeo llegaba en el verano del 2003 al conseguir la copa de la Intertoto, victoria que les permitió al año siguiente disputar la copa de la UEFA, llegando hasta semifinales. La peculiar camiseta amarilla se comenzaba a observar en el fútbol internacional, mientras que nacionalmente había ganado el respeto y solidez que tanto ansiaban conseguir en otros tiempos, se había convertido en un auténtico equipo de 1º División.
El gran rendimiento que el Villarreal fue demostrando en Primera con el pasar de los años hacía presagiar un salto de calidad. En todos los sentidos. Y así fue. El Submarino amarillo logró una campaña histórica, quedando en la tercera posición en la Liga 2004/2005 con 65 puntos –detrás del Barcelona y el Real Madrid-, con un brillante fútbol desplegado en todas las líneas y, además, con un Diego Forlán que se consagró ‘pichichi’ de España y de Europa con 25 goles, gracias en u
na gran parte a los imprescindibles pases del gran Riquelme, que se había convertido en el jefe y señor de este equipo. De este modo el Villareal se había ganado el derecho de soñar con la Liga de Campeones, el título más importante del planeta, algo que hacía años si veía lejano, imposible, ahora se convertía en realidad; una travesía en la que los del ya consagrado Manuel Pellegrini causaron impacto en toda Europa: primero superando con facilidad al Everton en la fase previa, posteriormente deslumbrando a los demás conjuntos liderando su grupo invicto; el Villareal pasó todos los obstáculos hasta llegar a Semifinales, en donde les tocó enfrentarse al Arsenal de Henry, que acababa de pasar por encima de aquel conjunto con el que habían debutado. El Villareal plantó cara y hizo sufrir a los “gunners” que consiguieron pasar gracias al fallo 
del jefe Riquelme, el Villareal quedó a las puertas de la gran final de Paris.Desde esa derrota el Villareal se sumió en una crisis, Riquelme no consiguió superar ese fallo tan decisivo, se dice incluso que hasta tenía pesadillas con su error y, esto sumado a su mala relación con el entrenador, hicieron que se viese obligado a volver a su país de origen.
Actualmente el Villarel ha renacido, si es que alguna vez ha estado muerto, después de 2 años sin jugar la Liga de Campeones que tanto pudieron saborear, aunque el sabor terminó siendo algo agridulce. El submarino amarillo con sus talentosas armas( Pires, Rossi, Cazorla, Senna, Guille Franco, Nihat..) prepara su vuelta a esta competición. Un conjunto que desde el anonimato y sin olvidar nunca quiénes son y de dónde vienen han salido a la lucha por el título liguero, nadie los veía venir, nadie sabia que estaban tan cerca, nadie imaginaba que El Submarino amarillo había comenzado su ataque para hundir las dos grandes flotas: Real Madrid y F.C Barcelona. Ya han superado el primer obstaculo destruyendo la flota culé, ahora solo queda esperar 7 jornadas, que son las que le quedan a esta guerra, para saber si el submarino amarillo también conseguirá acabar con la agotada flota merengue, aunque ésta esté a 6 millas de distancia.
El único pero de la noche fue una errónea actuación del colegiado, que se tragó el gol de Raúl y ,aunque muchos hablan de un tal penalti de Heinze, desde mi punto de vista el empujón es insuficiente para que sea pena máxima, también recordar que el Real Madrid sufre demasiado en los minutos finales, y ello quedó patente en el descuento cuando Martins marcó un golazo de falta, así como ya hiciese un tal Ronaldinho hace 2 temporadas en el Bernabeú y que ponía el “goal average” a favor de los culés, sin duda alguna este Madrid peca de falta de concentración en los minutos finales.
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